X-Men A Serie Animada Conta a Historia dos mutantes, humanos que, como resultado de um súbito salto evolucionário, nasceram com habilidades super-humanas latentes, que geralmente se manifestam na puberdade. Consequentemente, em suas histórias, vários homens comuns têm um intenso medo e/ou desconfiança dos mutantes (cientificamente chamados de Homo superior), que são vistos pelos cientistas em geral como o novo degrau da evolução humana. Logo, muitos os consideram uma ameaça à própria sociedade humana. Tensão esta exarcebada por mutantes que usam seus poderes para fins criminosos.

Para combater estes "mutantes malignos" (tais como Magneto e sua Irmandade de Mutantes) e promover a coexistência pacífica entre as duas raças, o benevolente Professor Charles Xavier, ( ou Professor X, o milionário que é, secretamente, um dos maiores telepatas da Terra), fundou uma academia para treinar jovens mutantes e doutriná-los em seu sonho de "harmonia interracial". Ocultando sua real intenção do restante do mundo sob a fachada do Instituto Xavier Para Jovens Super-Dotados, Charles deu, assim, início ao seu sonho.