Constituído por um grupo de quatro adolescentes metidos a detetives Fred, Velma, Daphne e Salsicha, com um cão Dogue Alemão chamado Scooby-Doo, que viajam num furgão psicodélico chamado Máquina Mistério e ajudam a investigar casos misteriosos. Visitam lugares inóspitos, casas mal-assombradas, parques abandonados, pântanos e ilhas, ameaçados por fantasmas, múmias, monstros e terríveis vilões.

Os detetives juvenis seguem pistas, fogem dos vilões e, muitas vezes, vêem-se perdidos em labirintos, passagens secretas e porões escuros. Dividem-se sempre em dois grupos: Fred e Daphne vão por um lado, enquanto Salsicha e Scooby acompanham Velma, que, apesar da esperteza e inteligência, vive perdendo seus óculos e se metendo nas confusões de Salsicha e Scooby.